Onun siyâsetini ehl-i beyt taraftarlığı belirliyordu. Ehl-i beyt’e büyük muhabbeti vardı.
Hayatinin bir bölümü Emevilerin, bir bölümü Abbâsilerin hâkimiyetinde geçti. Her iki dönemde de siyâsal iktidara karşıydı. Onun siyâsetini ehl-i beyt taraftarlığı belirliyordu. Ehl-i beyt’e büyük muhabbeti vardı.
Abbâsîler iktidara geldiklerinde ehl-i beyt’i gözeteceklerini söylemişlerdi. Ancak onların iktidara geldikten bir süre sonra ehl-i beyt’e zulmetmeye devam ettiklerini görünce, onlara da karşı çıktı. Derslerinde fırsat buldukça iktidarı tenkit etti. Her iki siyasal iktidar devrinde de kendisinden şüphelenilmiş, onu kendi taraflarına çekmek, halk nezdindeki itibarından yararlanmak için kendisine kadılık görevini teklif etmişlerse de o, her iki dönemde de teklifleri reddetmiş ve bu sebepten dolayı işkenceye uğramış, hapsedilmiştir. (Ibnü’l-Esir, el-Kâmil fi’t-Târih, V, 559).
İmam, takvâsı, ferâseti, ilmî dürüstlüğü ve görüslerini iktidara karsi kullanması ile halkın büyük sevgisini kazandı. Abbâsi yönetimi ile hiçbir zaman uyuşmadı, uzlaşmadı. Ticaretten kazandığı helâl rızıkla ilmini destekledi. Hattâ o, Zeyd b. Ali’nin imamlığına zimnen bey’at etmişti. Hz. Ali’nin torunları, kendisi gibi birer birer isyan edip şehid edilirken İmam Zeyd için Ebû Hanife söyle diyordu: “Zeyd’in bu çıkısı -Hisâm b. Abdülmelik’e isyanı- Rasûlullah’in Bedir günündeki çıkısına benziyor. ” Ebû Hanîfe’nin ehl-i beyt imamları ile olan birlikteliği, Emevi ve Abbâsi yönetimlerine karsı tavrı dikkat çekici bir tavırdır. i45 yılında Hz. Ali (r.a.)’in torunlarından Muhammed en-Nefsü’z Zekiye ile kardeşi İbrahim’in Abbâsilere isyan etmeleri ve şehit olmaları karsısında Ebû Hanife Irak’ta, İmam Mâlik Medine’de açıkça iktidarı telkin etmişler, bu yüzden ikisi de kırbaçlatılmış, işkence görmüş ve hapsedilmişlerdir. Ebû Hanife alenen halkı ehil-i beyt’e yardıma çağırdığı için hapsedildi ve her gün kırbaçlatıldı. Bunun sonucunda yetmiş yaşında şehid oldu. Zehirletildiği de rivâyet edilir (en-Nemeri, el-Intika, 170). Bagdat’ta, Hayruzan mezarlığına defnedildi, cenazesinde binlerce insan hazır bulundu.
